轮台县纪委监委组织机构包括：内设职能部门和派驻纪检监察组。内设职能部门具体为：办公室、组宣部、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一至第三纪检监察室、纪检监察干部监督室、案件审理室。

此外，设有县党委巡察办。设有县纪委监委派驻（派出）纪检监察组。设有派驻(派出）纪检监察机构具体为：轮台县纪委监委第一纪检监察组、轮台县纪委监委第二纪检监察组、轮台县纪委监委第三纪检监察组、轮台县纪委监委第四纪检监察组、轮台县纪委监委第五纪检监察组，轮台县党委直属机关纪检监察工委。